В 106 г. до н.э. греческое Боспорское царство со столицей в Пантикапее (современная Керчь) и Херсонес в результате военного похода вошли в состав другого эллинистического государства Понтийского царства со значительной частью Крыма (Таврика). Понтийская держава, доминировавшая в это время в Малой Азии, препятствовало экспансии Рима в Восточном Средиземноморье. С 89 г. до н.э. началась серия кровопролитных Митридатовых войн между Понтом и Римом, в которых на стороне Митридата Понтийского принимало участие часть причерноморских племен, включая скифов и сарматов. В ходе Первой Митридатовой войны (89—85 до н. э.) Боспор отложился от понтийского государства, но вскоре был возвращен под управление Митридата после поражения боспорской армии.
В процессе Третьей войны (74—63 до н. э.) римскими войсками под командованием Помпея была захвачена большая часть Понтийского царства. Митридат ретировался в свои таврические владения, которые, однако, в скором времени оказались блокированы флотом Рима. Римским войскам было предписано захватывать все торговые суда, выходившие из местных гаваней и казнить купцов, в результате чего боспорская экономика начала нести сильный урон. Блокада спровоцировала восстание в ряде городов Боспора, кульминацией которого стал мятеж, устроенный против Митридата его сыном Фарнаком. В результате царь свел счеты с жизнью, опасаясь пленения, или был убит.
Фарнак отправил Помпею забальзамированное тело Митридата, выразив покорность, за что был оставлен правителем Боспора и Херсонеса под римским протекторатом. По иронии судьбы Фарнак в дальнейшем почти повторил печальную историю своего отца. Воспользовавшись периодом гражданских войн в Риме, он сумел вернуть понтийские владения Митридата, однако после потерпел поражение от Цезаря в битве при Зеле, после чего бежал в Крым, там был предан собственным наместником Асандром и убит. Именно победу в битва при Зеле Цезарь описал тремя крылатыми словами: «Пришел, увидел, победил». В грандиозных завоевательных планах Цезаря, о которых пишет Плутарх, явно не было места для независимого Понта или Босфора.
Положение Рима в Боспорском царстве, формально находившегося под римским протекторатом в составе провинции Мёзия, было нестабильным. Боспор являлся для римлян ценным источником хлеба и сырья, а также важным форпостом на северо-востоке, однако его было сложно контролировать ввиду отдаленности и угрозы от местных варварских племен, на которые могли опираться неподконтрольные Риму претенденты на боспорскую власть. Отношения Рима с Асандром были напряженными, лишь в конце жизни последнего Рим признал его легитимность. Предполагаемый сын Асандра Аспург, положивший начало сарматской династии, правил в полной идиллии с Римом, а сын Аспурга Митридат VIII уже воевал с римлянами.
После победы римлян над тавроскифским войском, осадившим Херсонес в 60-ых гг. н.э., над полисом устанавливается протекторат и вводится туда гарнизон. Еще один военный лагерь появляется в бухте Сюмболон (Балаклава), а на мысе Ай-Тодор римляне строят крепость Харакс. При Домициане в конце 1-го века римские войска были эвакуированы из Крыма. Вновь римские гарнизоны, состоящие в разное время из подразделений I Италийского, V Македонского, XI Клавдиева легионов, появляются в Таврике в середине 2-го в. н.э. В крымскую акваторию периодически заходят военные корабли Равеннского флота.
В середине 3-го в. римские войска перебрасываются из Крыма для обороны дунайских рубежей от варваров (Скифская война). Примерно в это же время в Боспор начинают вторгаться готы и бораны, начинается миграция населения и упадок эллинистических городов Боспора. В 4-ом в. Боспор просит у Рима защиты от готов и аланов за щедрое вознаграждение, однако Рим и сам уже с трудом отбивается от варваров. Лишь в конце 4-го в. в Крым водятся войска Восточной Римской империи, и Крым переходит под ее управление.